A E.E.F.M Professor Paulo Freire foi fundada em 12 de Abril de 1999, funcionando inicialmente no bairro João XXIII, em um prédio alugado do Educandário 13 de Junho cuja estrutura física era extremamente precária. Pelo fato de ainda não ter sido criada oficialmente, ficou temporariamente utilizando o nome da única escola pública estadual existente no bairro e que ordenava oficialmente as despesas da escola, assim, passou a ser conhecida como Escola de Ensino Fundamental Heráclito de Castro e Silva II. O primeiro núcleo gestor da nova escola era composto pela Diretora Geral, Professora Eva Lana Prata Freire; pela coordenadora pedagógica Professora Carmem Lúcia Vidal e Silva; pela coordenadora Administrativa-financeira Alessandra Nery Alcântara e pela Secretária Teresinha Rodrigues de Lima. Em setembro do mesmo ano, o teto de duas salas de aula desabaram e a escola teve que ser transferida às pressas, para outro prédio alugado, desta vez no bairro Henrique Jorge, onde teve que dividir o espaço físico até o final do ano letivo de 1999 com os alunos do Educandário 4 de Outubro. Nesta sede a escola permaneceu até janeiro de 2002. Em assembléia realizada no dia 19/08/2000, com a presença de toda a comunidade escolar, foi votado e escolhido por unanimidade, o nome do grande educador, Professor Paulo Freire como patrono da nova escola. No dia 22/01/2001, o Exmo. Sr. Governador do Estado do Ceará, Dr. Tasso Ribeiro Jereissati, atendia a vontade popular e assinava o ato que criava oficialmente a E.E.F.M Professor Paulo Freire, que nascia, assim, sob a luz de um grande mestre. No mesmo ano a Professora Eva Lana Prata Freire fora reconduzida novamente à direção e em 2002 a sede fora novamente transferida para o prédio onde se encontra atualmente, na Av. Sen. Fernandes Távora, 1936, no bairro Henrique Jorge, onde vem desenvolvendo-se a passos largos rumo a sua plenitude.
